ในปี ค.ศ. 2003 นับเป็น 6 ปี หลังจากเหตุการณ์ไทม์ไครซิส II อัสตีกอสซึ่งเป็นเกาะที่ใหญ่ที่สุดของเมดิเตอร์เรเนียนแห่งแคว้นลูกาโน ได้ถูกรุกรานโดยกองกำลังพิเศษจากสหพันธรัฐซาโกเรียน ที่นำโดยนายพล จอร์โจ ซอตต์ จอมเผด็จการ ผู้บุกรุกพิชิตอัสตีกอสไป 80 เปอร์เซนต์ในเวลาไม่กี่สัปดาห์แม้จะมีการประท้วงในระดับนานาชาติ ในขณะเดียวกัน ผู้พิทักษ์ลูกาโนที่รอดชีวิตได้รวมตัวกันเป็นกองกำลังปลดปล่อยลูกาโนภายใต้แดเนียล วินสตัน รู้ว่ากองกำลังของซาโกเรียนได้สร้างฐานในหอดูดาวอัสตีกอสสเตตที่ถูกทิ้งร้าง แดเนียลกับผู้หมวดเจค เฮอร์นันเดซ จึงนำกองกำลังเล็ก ๆ มาแทรกซึมและทำลายมัน อย่างไรก็ตาม เมื่อเข้าไปข้างในพวกเขาได้ถูกจับกุมโดยกองทหารของซาโกเรียนที่คอยอยู่

หนึ่งสัปดาห์ต่อมา อลิเซียน้องสาวของแดเนียลรับภารกิจเดี่ยวเพื่อแทรกซึมเข้าไปในบังเกอร์ของชาวซาโกเรียน ที่ภายใน เธอได้ดาวน์โหลดข้อมูลข่าวกรองที่ทำให้เธอค้นพบว่าฝ่ายซาโกเรียนได้รับขีปนาวุธทิ้งตัวทางยุทธวิธี ซึ่งพวกเขาตั้งใจจะใช้เพื่อกำจัดกองกำลังปลดปล่อยลูกาโนที่เหลือ และอาจเป็นภัยคุกคามต่อประเทศเพื่อนบ้าน อลิเซียส่งข้อมูลไปยังผู้ติดต่อของเธอที่วีเอสเอสอี (V.S.S.E.) ซึ่งจะทำให้หน่วยงานส่งสายลับคืออลัน ดันอเวย์ และเวสลีย์ แลมเบิร์ต ไปทำลายขีปนาวุธ อลันและเวสลีย์สวมรอยเป็นชาวประมง โดยเริ่มการโจมตีที่หาดมาราโน แต่ถูกผู้ปกป้องซาโกเรียนต้อนเข้าจนมุมอย่างรวดเร็ว นาวาอากาศเอก วิกเตอร์ ซาห์น ผู้นำของพวกมันโจมตีพวกเขาด้วยเฮลิคอปเตอร์ทหารติดอาวุธหนัก อลิเซียสามารถขโมยรถจี๊ปและช่วยเหลือเหล่าสายลับ แล้วช่วยพวกเขายิงซาห์น ทั้งสามเดินทางไปยังอัสตีกอสทาวน์เซ็นเตอร์ ซึ่งพวกเขาได้แยกจากกันด้วยการโจมตีที่ไม่ทันได้ตั้งตัว เวสลีย์และอลันต่อสู้ผ่านเมืองและป่าเพื่อไปให้ถึงรถไฟเสบียงที่มุ่งหน้าไปยังที่ซ่อนของซอตต์ ในขณะเดียวกัน อลิเซียกำลังเผชิญหน้ากับเจคซึ่งเปิดเผยว่าเป็นคนทรยศที่ขายแดเนียลไป หลังจากจัดการเจคนอกเมืองแล้ว อลิเซียก็พบกับสายลับทั้งสองที่โรงรถไฟ

แรนดี การ์เรตต์ ซึ่งเป็นหัวหน้า "ทีมนักฆ่า" ของซอตต์ ได้นำพวกเขาไปสู่การซุ่มโจมตี ระหว่างนั้นเขาทำลายสะพาน ทำให้รถไฟตกลงไปในแม่น้ำ หลังจากปราบการ์เร็ตต์และคนของเขาแล้ว อลิเซีย, เวสลีย์ และอลัน ก็เข้าใกล้ฐานซึ่งพวกเขาแยกกันอีกครั้งเพื่อเอาชนะผู้พิทักษ์ภายนอก อลันและเวสลีย์ต้องเผชิญหน้ากับมือปืนรับจ้างอย่างไวลด์ ด็อก — ซึ่งดูเหมือนว่าน่าจะถูกฆ่าตายในช่วงเหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับอุบัติการณ์นีโอไดน์ — กับคู่หูคนใหม่ของเขาอย่างไวลด์ แฟงก์ ผู้ที่มีกำลังขาอย่างมาก ในการต่อสู้ที่ตามมา เห็นได้ชัดว่าแฟงก์ถูกฆ่าตาย แต่ด็อกฆ่าตัวตายอีกครั้งโดยใช้วัตถุระเบิดเพื่อหลบเลี่ยงการจับกุม ส่วนซอตต์เตรียมที่จะประหารแดเนียลเพื่อแก้แค้น แต่อลิเซียยิงปืนพกให้หลุดจากมือด้วยปืนสไนเปอร์ อลันและเวสลีย์ไล่ตามซอตต์ซึ่งเข้าไปในที่ซ่อน ขณะที่อลิเซียปลดปล่อยคนของแดเนียลจากการเป็นเชลย แล้วกองรบก็มาถึงทันเวลาเพื่อช่วยสายลับจากทหารของซอตต์

อลันและเวสลีย์เผชิญหน้ากับซอตต์ในโดมหลักและยิงเขาตาย แต่ไม่ทันที่เขาจะเริ่มปล่อยขีปนาวุธ สายลับทั้งสองตัดสินใจใช้เครื่องยิงจรวดทำลายหลังคาโดม ทำให้มันร่วงไปในโพรงและทำลายขีปนาวุธ ในขณะเดียวกัน อลิเซียก็พบเจคที่พยายามหนีพร้อมด้วยหัวรบนิวเคลียร์ที่ขโมยมา เธอหยุดการขนถ่ายของเขา ทำให้เขาจุดชนวนก่อนเวลาอันควร อลิเซียใช้ทักษะการซุ่มยิงของเธอทำลายเครื่องจุดชนวนระเบิดและสังหารเฮอร์นันเดซไปพร้อม ๆ กันก่อนที่จะส่งซากเพลิงไหม้ลงสู่ทะเล อลิเซียกลับไปหาพี่ชายของเธอ แล้วช่วยสายลับทั้งสองหลบหนี

ภารกิจของพวกเขาประสบความสำเร็จ อลันและเวสลีย์กลับบ้าน ในขณะที่กองกำลังปลดปล่อยลูกาโนเอาชนะฝ่ายซาโกเรียนและบังคับให้พวกเขาออกจากลูกาโนได้ในที่สุด โดยยึดเกาะอัสตีกอสคืนได้ 90 เปอร์เซ็นต์ในปฏิบัติการ